ストックオプションの税務・法務整理：税制適格要件と契約設計

1　SOは「付与・行使・売却」の3段階で課税関係を見る

SOの税務を理解するには、付与時、権利行使時、行使により取得した株式の売却時を分けて考える必要があります。税制適格SOと税制非適格SOでは、とくに権利行使時の取扱いが異なります。

なお、有償型SOや信託型SOなどは課税関係が異なる場合があります。本稿では、スタートアップ等で用いられる税制適格SOと、典型的な無償・有利発行型の税制非適格SOを中心に整理します。

2　税制適格SOは「行使時課税の繰延べ」が中心的な効果

租税特別措置法29条の2のストックオプション税制では、一定の要件を満たす新株予約権を契約に従って行使して株式を取得した場合、権利行使時の経済的利益に対する課税が繰り延べられます。その後、取得した株式を売却したときに、売却価格と権利行使価額との差額が一般株式等又は上場株式等に係る譲渡所得等として申告分離課税の対象になります。

国税庁は、税制適格SOにより取得した株式の取得価額について、権利行使時の株式時価ではなく、SOの権利行使価額とすることを示しています。したがって、行使時に繰り延べられた経済的利益と、その後の株価上昇分が、売却時にまとめて譲渡所得等として計算されることになります。

3　税制適格要件は「付与契約の当初から」組み込む

税制適格SOの要件は、権利行使直前に確認すれば足りるものではありません。国税庁は、当初の付与契約が税制適格要件を満たしていない場合、権利行使前に契約を変更して要件を満たす内容にしても、原則としてストックオプション税制の適用を受けられないとしています。

実務上は、少なくとも次の項目を付与決議・新株予約権の内容・付与契約・行使後の管理方法まで通して確認します。以下は主要項目であり、個別の適用可否は法令・対象者・発行条件等に応じて確認が必要です。

4　年間権利行使価額の上限は一律1,200万円ではない

令和6年度（2024年度）税制改正により、一定の株式会社が付与する税制適格SOについて、年間権利行使価額の限度額が引き上げられました。旧来の「年1,200万円まで」という説明だけでは現在の制度を表せません。

限度額は付与対象者ごと・年ごとの権利行使を管理する必要があり、複数回付与がある場合はSOごとに見るだけでは足りません。さらに、改正前の契約に関する経過措置は2024年12月31日で終了しています。過去の付与契約について現在の限度額を当然に利用できると考えず、契約締結時期と契約内容を確認します。

5　権利行使期間は会社の設立年数によって特例がある

税制適格SOでは、原則として、付与決議の日後2年を経過した日から10年を経過する日までの間に権利行使することが要件です。令和5年度（2023年度）税制改正により、設立の日以後の期間が5年未満の非上場会社については、一定の場合に、終期が付与決議の日後15年を経過する日まで延長されています。

契約書上の行使期間と、税制上の行使可能期間は同じとは限りません。会社としてはより短い行使期限や在籍要件等を設けることも考えられますが、その条件を変更する場合には税制適格性への影響を別途確認します。

6　権利行使価額は「直近ラウンドの株価」をそのまま使えばよいとは限らない

税制適格SOでは、権利行使価額を付与契約締結時の株式価額相当額以上とすることが重要です。未上場会社では、資金調達時に優先株式が発行されている場合など、直近の投資価格とSOの対象となる普通株式の価値が一致しないことがあります。

国税庁は、取引相場のない株式について、一定の条件の下で財産評価基本通達の例により算定する特例方式を示しています。純資産価額方式を用いる場合には、原則として契約時の資産・負債を相続税評価額ベースで評価して1株価額を算定します。直前期末の決算を使える場合もありますが、契約日までに株式発行があった場合や、一定の大幅な純資産変動がある場合などは、追加の調整や仮決算が必要になることがあります。

7　契約変更で「後から適格化する」前提は危険

SOの契約条件は、採用・資本政策・M&A等に合わせて後から変更したくなることがあります。しかし、税制適格SOでは、「契約に従って行使すること」が重要な要件となるため、税務上重要な事項を後から変更する場合は慎重な確認が必要です。

特に、当初から税制非適格であった契約を、行使前に税制適格要件を満たす内容へ変更しても、原則として適格SOへ切り替えることはできないと国税庁は示しています。また、2024年度改正について認められていた一定の経過措置も2024年12月31日に終了しました。

他方で、すべての契約変更・条件調整が一律に税制適格性を失わせると決めつけるのも適切ではありません。組織再編、株式分割、法令上予定された調整等では別の整理が必要になることがあります。変更前に、法務上変更できるかだけでなく、税務上の適格性が維持されるかを確認します。

8　行使後株式の「保管・管理」まで制度設計に含める

税制適格SOは、権利行使して終わりではありません。行使により取得した株式について、法令上の要件に沿った保管・管理が必要です。従来は証券会社等への保管委託等が中心でしたが、2024年度改正により、一定の譲渡制限株式については発行会社自身による管理も可能になりました。

発行会社管理を選ぶ場合には、区分管理帳簿の整備、譲渡時の記録、上場時に証券会社等の管理へ移行する手続など、会社側の運用負担が生じます。税制適格SOの契約書だけを整えて、管理実務を総務・経理部門へ共有していないと、権利行使時に運用が止まるおそれがあります。

9　税制非適格SOは「同じ利益への二重課税」と説明しない

典型的な無償・有利発行型の税制非適格SOでは、権利行使時に、行使時株価と権利行使価額との差額が給与所得等として課税されます。その後に株式を売却した場合は、原則として、売却価格と行使時に課税上取得価額となった株価との差額が株式譲渡所得等として課税されます。

したがって、権利行使時と売却時にそれぞれ課税が生じ得るという意味では「二段階」で課税関係がありますが、同一の経済的利益に同じ税金が二重に課されるという説明は正確ではありません。税制非適格SOでは、行使時の給与所得等に対する源泉徴収が必要となる場合もあるため、発行会社側の給与・源泉実務も事前に確認します。

参考裁判例：最高裁平成17年1月25日判決

最高裁平成17年1月25日判決は、米国親会社から日本子会社の代表取締役に付与されたストックオプションの権利行使益について、給与所得に当たると判断しました。判決が重視したのは、親会社が日本子会社の株式を100％保有して役員人事等を支配していたこと、SO制度がグループの一定の役員・主要従業員に対する精勤の動機付け等を目的としていたこと、被付与者が日本子会社で職務を遂行しているからこそSOが付与されたこと、SOが本人のみ行使でき譲渡・移転できない仕組みであったことなどです。

最高裁は、権利行使益の発生額が親会社株価の動向や本人の権利行使時期の判断に左右されるとしても、それだけで親会社から与えられた給付であることは否定されないとしました。その上で、本件の権利行使益は職務遂行の対価としての性質を有し、雇用契約又はこれに類する原因に基づき提供された非独立的な労務の対価として、所得税法28条1項の給与所得に当たるとしています。

もっとも、この判決から税制非適格SOの権利行使益が常に給与所得になると一般化するのは適切ではありません。現在の国税庁の整理でも、権利の付与が雇用契約又はこれに類する関係に基因する場合は給与所得とされる一方、職務の遂行との関連性や付与の原因等によっては異なる所得区分となる場合があります。付与主体が親会社か勤務先かだけでなく、付与目的、対象者の地位、勤務継続条件、グループ関係等を確認する必要があります。

10　会社法上の発行手続と税制適格要件は一式で確認する

SOは会社法上は新株予約権として設計されます。会社法236条以下では新株予約権の内容、募集事項、割当て、払込み、行使等が定められています。募集事項の決定機関や株主総会決議の要否は、公開会社・非公開会社、取締役会設置の有無、募集条件、特に有利な条件かどうかなどによって変わるため、「SOは必ず株主総会特別決議」と一律に整理することはできません。

実務では、会社法上の決議だけ先に作り、後から税制適格SO用の契約書を当て込むのではなく、次の資料を同じ条件でそろえます。

• 新株予約権の内容・募集事項と、付与対象者・付与数
• 必要な株主総会・取締役会等の決議
• 新株予約権割当契約・付与契約
• 権利行使価額の株価算定資料
• 新株予約権原簿、変更登記その他の会社法実務
• 税制適格要件の確認表、年間権利行使価額の管理
• 行使後株式の保管・管理方法と社内担当者

11　社外人材・国外勤務者などは通常の従業員と同じ前提で扱わない

税制適格SOの対象者は、発行会社・一定の子会社の取締役、執行役、使用人等が中心ですが、一定の社外高度人材については、法令上の認定制度を利用して税制の対象とできる仕組みがあります。2024年度改正では認定対象企業・社外高度人材の範囲等も拡充されました。

一方、国外勤務者・非居住者、海外親会社が付与するSO、複数国で勤務する対象者などは、日本国内だけで完結するSOとは課税関係が異なることがあります。国籍だけで結論を決めるのではなく、居住者・非居住者の区分、勤務期間、付与主体、権利確定・行使・売却の時点などを確認し、必要に応じて現地税務も含めて整理します。

なお、海外親会社から付与されたSOであっても、勤務先での職務遂行との対価性やグループ内の支配関係、付与制度の目的等によっては、権利行使益が給与所得となる場合があります。最高裁平成17年1月25日判決も、このような事情を踏まえて給与所得該当性を認めています。

12　SOを発行するときの法務・税務連携フロー

特に注意したいのは、税理士が見ている契約案と、弁護士・司法書士が会社法手続に使っている条件が異なるケースです。権利行使価額、行使期間、対象者、譲渡制限、株式管理など、税務上重要な条件が変更された場合には、関係する専門家へ同じ最終版を共有します。

13　よくある設計・運用ミス

14　税制適格SO・契約実務チェックリスト

15　FAQ

16　弁護士・税理士へ早めに相談したい場面

• 初めて税制適格SOを導入する
• 複数回のSO付与があり、年間権利行使価額の管理が複雑になっている
• 優先株式で資金調達をしており、普通株式の株価算定に迷っている
• 過去に付与したSOの契約条件を変更したい
• SO行使後の株式を発行会社自身で管理することを検討している
• 社外高度人材、国外勤務者、海外親会社のSOなど通常と異なるケースがある
• M&A・IPOに向けて過去のSO発行・行使・登記・税務資料を整理したい

SOでは、会社法上は有効に発行できていても、税制適格要件を満たさないことがあり、逆に税務上の設計だけを先行させても会社法手続や契約運用が不足することがあります。発行条件をまだ変更できる段階で、法務・税務双方の前提をそろえることが、後からの修正を減らします。

まとめ　SOの税務・法務は「契約当初から行使後まで」を一つの流れで管理する

税制適格SOは、権利行使時の課税を売却時まで繰り延べる有力な制度ですが、適用を受けるには、付与対象者、権利行使期間、権利行使価額、年間限度額、譲渡制限、発行形態、行使後株式の管理など、複数の要件を満たす必要があります。2023年度・2024年度の改正により、権利行使期間、年間限度額、株式管理、社外高度人材の制度は拡充されているため、古い雛形や説明資料をそのまま使うことは避けるべきです。

実務上は、税制適格要件だけをチェックするのではなく、会社法上の決議、新株予約権の内容、付与契約、株価算定、原簿・登記、権利行使、株式管理、売却時に必要な記録までを一式で管理します。条件変更や特殊な付与対象者がいる場合ほど、発行・変更の前に法務と税務を同じ前提で確認することが重要です。

17　参考裁判例

最高裁平成17年1月25日判決（平成16年（行ヒ）第141号）

18　主要な一次資料

会社法（平成17年法律第86号）— e-Gov法令検索

租税特別措置法（昭和32年法律第26号）— e-Gov法令検索

経済産業省「ストックオプション税制」

経済産業省「税制適格ストックオプションとは？」

国税庁「ストックオプションに対する課税（Q&A）」（令和6年11月最終改訂）

国税庁 No.1540「ストック・オプション税制の適用を受けて取得した株式を譲渡した場合」

国税庁 No.1543「税制非適格ストック・オプションに係る課税関係について」

国税庁「ストックオプション契約の内容を税制非適格から税制適格に変更した場合」

国税庁「具体的な株価の算定方法」